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機械少女們的友情故事！〈長靴〉小隊，最後的出擊！D-phone因Hermeron病毒而暴走、〈Hermeron的吹笛子精靈事件〉之後的幾天。瑪娜們為了阻止D-A系統的暴走，出發前往鄰鎮的千禰宜。途中，一邊從線路獲得電力一邊繼續旅行的瑪娜們作為"長靴"小隊的團隊合作剋服了野狗和野鳥等各種威脅，但是在千禰宜市，由High Milenia領導的Dragon的Milenia的軍隊為了阻止其前進的道路而等待……Mega House展開的人氣公仔"Desktop Army"的第三款正式推論。向人類突然消失的<修正的1秒>的謎團逼近的機械少女們的友情故事。